Святые мощи преподобного Пахомия были обретены в 1675 году при
строительстве в монастыре каменного Троицкого храма под алтарем старой
церкви, но до настоящего времени находились в земле под спудом. Над
могилой преподобного была установлена каменная сень, которая указывала
точное местоположение святыни. Второе обретение святых мощей было
осуществлено по благословению архиепископа Костромского и Галичского
Алексия,а также отныне совершать память об этом событии 3 апреля. Для
установления их подлинности была проведена специальная экспертиза. На
всенощном бдении 19 марта 2011г, которое возглавил архиепископ
Костромской и Галичский Алексий, перед полиелеем святые мощи Нерехтского
подвижника были изнесены из алтаря на середину храма. Все молящиеся
перед помазанием святым елеем поклонились мощам преподобного. Во время
пения Великого славословия мощи преподобного Пахомия были перенесены в
Пахомиевский придел Троицкого храма обители и помещены в раку.
