Главной святыней обители являются мощи святого праведного старца Феодора Томского, которые почивают в Алексиевском приделе монастырского храма. Святой праведный Феодор был прославлен в лике сибирских святых в 1984 году. Обретение мощей состоялось 5 июля 1995 года, тогда же они были перенесены в храм и положены в специально изготовленный ковчег. В 2001 году подмосковными резчиками была изготовлена новая рака, в которой ныне почивают мощи святого. Выполненная в лучших традициях древнерусского церковного искусства новая гробница стала не только достойным вместилищем святыни, но и украшением храма.
