Был уче­ни­ком и со­мо­лит­вен­ни­ком пре­по­доб­но­го Алек­сандра Оше­вен­ско­го. Па­хо­мий вы­шел из оби­те­ли на­став­ни­ка вско­ре по­сле его смер­ти. Стро­гий пост­ник и мо­лит­вен­ник, Па­хо­мий мно­го лет про­вел в уеди­не­нии. Со вре­ме­нем на ме­сто его по­дви­гов за со­ве­том и бла­го­сло­ве­ни­ем ста­ли при­хо­дить мест­ные жи­те­ли, неко­то­рые про­си­ли стар­ца при­нять их под свое ру­ко­вод­ство, по­сте­пен­но око­ло ке­ллии пре­по­доб­но­го воз­ник­ла це­лая оби­тель ино­ков. Здесь был по­став­лен храм в честь Пре­об­ра­же­ния Гос­под­ня, став­ший сре­до­то­чи­ем Спа­со-Пре­об­ра­жен­ско­го Кен­ско­го мо­на­сты­ря. Про­изо­шло это не позд­нее на­ча­ла XVI сто­ле­тия, а воз­мож­но, в кон­це XV. В сво­ей оби­те­ли пре­по­доб­ный Па­хо­мий устро­ил боль­ни­цу для немощ­ных стар­цев. Бра­тия са­ми вме­сте с на­сто­я­те­лем тру­ди­лись на зем­ле: се­я­ли и уби­ра­ли хлеб, ло­ви­ли ры­бу, рас­чи­ща­ли лес­ные участ­ки под по­ля. В 1508 го­ду в Кен­ской оби­те­ли при­нял ино­че­ское по­стри­же­ние пре­по­доб­ный Ан­то­ний Сий­ский, под­ви­зав­ший­ся пер­во­на­чаль­но под ру­ко­вод­ством Па­хо­мия.

Скон­чал­ся пре­по­доб­ный Па­хо­мий око­ло 1515 го­да, в глу­бо­кой ста­ро­сти, в ос­но­ван­ном им мо­на­сты­ре. Вско­ре по­сле смер­ти свя­то­го у его гро­ба ста­ли со­вер­шать­ся чу­де­са. В 1800 го­ду Пре­об­ра­жен­ский храм и все, что в нем на­хо­ди­лось, по­гиб­ло в по­жа­ре. Оста­лись нетро­ну­ты­ми ог­нем лишь три дос­ки над мо­ги­лой свя­то­го.