Подвизался в Спасо-Каменном монастыре под руководством игумена Дионисия Грека. Здесь он близко познакомился с преподобным Дионисием Глушицким, с которым свел духовное дружество. Друзья прожили много лет в различных монастырских послушаниях, смирением и трудолюбием снискали общую любовь и уважение братии, но, тяготясь почетом и ревнуя о высшем духовном совершенстве, они испросили себе у игумена Дионисия благословение удалиться в пустыню на безмолвие и поселились на святой луке в запустевшем монастыре. Сперва построили они себе хижину для жилья, потом церковь во имя святителя Николая и, получив от Ростовского архиепископа Григория благословение на освящение церкви и возобновление монастыря, с радостью занялись богоугодным делом.
Через несколько лет преподобному Дионисию пришла мысль удалиться в пустыню более глубокую и завести в ней общежитие. Пахомий же остался на святой луке, прилагая труды к трудам и служа примером для начавшей уже собираться к нему братии. Но на этом и оканчиваются дошедшие до нас письменные о нем сведения, так что мы ничего не можем сказать ни о дальнейших его подвигах, ни о времени блаженной его кончины, ни о месте его погребения.