Внутри монастыря, с южной стороны, между теплой церковью и братским корпусом, с 1425 года существует ветхая деревянная келья преп. Макария, игум. Калязинского, чудотворца, в которой он положил начало иноческих своих подвигов; над этой кельей устроен деревянный шатер; крыша покрыта листовым железом и окрашена медянкою. Длина кельи преподобного Макария, с углами, снаружи 3 арш. 18 вершк. (около 2,93 м — здесь и далее в цитате прим. ред.), ширина 3 аршина 3 вершка (2,27 м), а вышина от земли до крыши 2 арш. 2 вершка (1,51 м); внутри же длина 3 арш. 9 вершк. (2,53 м), ширина 3 арш. (2,13 м). Пол в ней и крыша снаружи ветхи, потолка нет; окно только одно волоковое, в 5 верш. (22 см), на правой стороне при входе в келью. В ней находится деревянный крест, аналой и подсвечник старинные, деревянные», — так описывает о. Серафим Архангелов келью прп. Макария Калязинского, хранившуюся в Николаевском Клобукове монастыре. Собственноручно построенная преподобным около 1425 года, она почиталась как святыня, поражая богомольцев своей скромностью, даже убожеством. В 1903 году над этой кельей в качестве футляра поднялась кирпичная Макарьевская часовня, примыкающая к Алексеевской церкви. В годы советской власти келью уничтожили.
В 2009 году келью преподобного Макария воссоздали на исконном месте в первозданном виде, восстановленном по житию святого и по последнему описанию монастыря, составленному в 1903 году. Нынешняя келья лишена деревянного саркофага, в который некогда была заключена. Размером она крайне невелика — спать, по всей видимости, в ней получалось только сидя. Топилась келья, скорее всего, по-черному, о чем свидетельствует небольшое оконце. Для воссоздания кельи преподобного Макария использовались бревна от старых разобранных домов, не менее чем вековой давности каждое.
