В 1990-х гг. в монастыре обретены мощи преподобного Серафима (Амелина). В 2006 г. обретены мощи преподобного Филарета (Данилевского) и преподобного Феодота (Левченко); в 2007 г. обретены мощи преподобного Архиппа (Шестакова); к моменту прославления Собора преподобных отцев Глинских (2008) обретены также мощи преподобного Макария (Шарова); в 2009 г. на Михайловском кладбище Сухуми обретены и перенесены в Глинскую пустынь мощи преподобного Серафима (Романцова). В 2005–2007 гг. обнаружены также могилы преподобных Илиодора (Голованицкого), Иннокентия (Степанова), Иоанникия (Гомолко).
