12 ноября 2024 года в Казанском женском монастыре г. Ярославля почтили память святителя Агафангела, митрополита Ярославского, исповедника. Божественную литургию в праздничный день в Казанском соборе обители совершил митрополит Ярославский и Ростовский Вадим.
Обретение состоялось в 1998 году по благословению Святейшего Патриарха Алексия II и при участии архиепископа Ярославского и Ростовского Михея (Хархарова).
Могила находилась в склепе, устроенном в подклете храма на глубине 1,5 метра. Примечательно, что ледяные грунтовые воды, заполнявшие могилу, уничтожили почти полностью гроб, облачение, евангелие и даже панагию, но они же сохранили в целостности мощи святителя и укрыли их от предпринимавшихся ранее попыток разорения и поругания. Мощи были очищены от земли, облачены и с молитвой положены возле алтаря у левой стены Леонтьевской церкви, в подклете которой находились 70 лет.
Первую панихиду у святых мощей служил архиепископ Михей. В 1999 году владыка Михей обратился к Святейшему Патриарху Алексию с прошением о канонизации митрополита Агафангела в лике местночтимых святых.
В августе 2000 года Ярославский архипастырь был причислен к лику новомучеников и исповедников Юбилейным Архиерейским Собором Русской Православной Церкви для общецерковного почитания, как возглавивший сонм новомучеников и исповедников.