Начатое при царе Алексее Михайловиче, продолжалось в царствование его сына Феодора Алексеевича, при деятельном участии царевны Татьяны Михайловны. Возведение Воскресенского собора завершилось уже после того, как Патриарх Никон, скончавшийся на пути из ссылки в августе 1681 года, был похоронен в своей любимой Ново-Иерусалимской обители. 18 января (ст. ст.) 1685 года, собор был освящен Патриархом Иоакимом. Спустя год юные цари Иоанн и Петр Алексеевичи даровали Воскресенской обители жалованную, так называемую «вечно утвержденную грамоту» на все ее тогдашние вотчины и угодья.
Территория, окружавшая монастырь, простиралась на несколько десятков километров. Ее топонимика, все церковные сооружения создавали образ Святой Земли: в центре был расположен холм под названием Сион; холмы вокруг обители именовались Елеонским, Фаворским; села имели названия Преображенское, Назарет, Капернаум; река Истра получила имя Иордан; ручей, обтекающий монастырский холм, – Кедронский поток. Башни монастырских стен имели символические названия: Входоиерусалимская, Гефсиманская и т. д. В самом соборе были воспроизведены подобия горы Голгофы, пещеры Гроба Господня, храма Обретения Животворящего Креста Господня, Темницы Господней и Темничной церкви во имя Пресвятой Богородицы.
Последующие государи династии Романовых продолжали благоустраивать монастырь. В XVIII–XIX веках над созданием его архитектурного ансамбля трудились выдающиеся зодчие – Б. Растрелли, К. Бланк, М. Казаков, А. Воронихин, А. Витберг.
В 1870-е годы возник научный интерес к наследию обители. Архимандрит Леонид (Кавелин), исследователь восточно-христианских и отечественных памятников письменности издал в 1874 году фундаментальный труд «Историческое описание Воскресенского, Новый Иерусалим именуемого монастыря», опубликовав в нем многие ценные документы. Он же основал монастырский музей, в котором были выставлены личные вещи Патриарха Никона, картины, иконы, книги, ткани из собрания монастыря.
В 1875 году вышло в свет «Описание библиотеки Воскресенского монастыря» архимандрита Амфилохия (Казанского). В монастырском книжном собрании хранились ценнейшие рукописи и старопечатные книги XI–XVIII веков, составившие в начале ХХ столетия особое Воскресенское собрание Синодальной библиотеки, которое ныне находится в Историческом музее.
В XIX и в начале ХХ века монастырь был известнейшим центром паломничества. В 1913 году его посетило около 35 000 человек. Располагая средствами от крупных пожертвований, монастырь сам вел строительство гостиниц и странноприимного дома для бедных паломников.
В июле 1919 года по решению Звенигородского уездного съезда советов Воскресенский монастырь был закрыт, его имущество национализировано. В 1920-е годы наиболее ценные предметы из ризницы Воскресенского собора были переданы в Оружейную палату. На территории обители был открыт музей, святые места были частично уничтожены либо изменены до неузнаваемости.
Новый Иерусалим сильно пострадал в начале Великой Отечественной войны, оказавшись в зоне боев за Москву. Во время недолгой оккупации музей подвергся разграблению, а при отступлении фашистские войска взорвали храмовый ансамбль: некоторые постройки были полностью разрушены, собор значительно поврежден. С 1947 года государство стало проводить реставрационные работы, в результате которых удалось поднять из руин архитектурный комплекс обители и начать восстановление интерьера Воскресенского собора.
Процесс передачи монастыря Русской Православной Церкви начался в 1994 году. Возобновилась богослужебная деятельность. Первым наместником обители был назначен архимандрит Никита (Латушко). 23 июня 2008 года Cвященный Синод утвердил благочинного Всехсвятского округа Москвы игумена Феофилакта (Безукладникова) наместником Воскресенского Ново-Иерусалимского ставропигиального мужского монастыря. Тогда же Новый Иерусалим посетили Святейший Патриарх Алексий II и Президент России Д.А. Медведев. Осмотрев сооружения обители, они приняли решение о создании Благотворительного фонда по восстановлению Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря и стали сопредседателями Попечительского Совета фонда.
Святейший Патриарх Кирилл посетил Ново-Иерусалимский монастырь 25 сентября 2011 года в день празднования 355-летия основания святой обители. Учитывая уникальную особенность Нового Иерусалима, воссоздающего главные христианские святыни, связанные с днями земной жизни Спасителя и последующей церковной историей, Святейший Владыка благословил: начиная с 2011 года совершать освящение воды в реке Истре-Иордане подобно существующей традиции в Святой Земле, когда в течение всего года воды Иордана освящаются по чину Великого освящения; в праздник Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня совершать чин воздвижения Креста.
Во время посещения монастыря в 2013 году Патриарх отметил, что в будущем необходимо в полной мере воплотить замысел Патриарха Никона – наряду с восстановлением обители воссоздать весь природно-культурный ландшафт, воспроизводящий топографию Святой Земли.
Реставрационные работы в монастыре интенсивно велись на протяжении восьми лет. В 2014 году была восстановлена утраченная в войну колокольня. 8 мая 2016 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил чин великого освящения Воскресенского собора Ново-Иерусалимского ставропигиального мужского монастыря. Были освящены пять престолов собора: Воскресения Христова; Рождества Пресвятой Богородицы; Успения Пресвятой Богородицы; Небоявленного Креста Господня; святых равноапостольных Константина и Елены.
С 2014 года рядом с монастырем существует уникальный музейно-выставочный комплекс Московской области «Новый Иерусалим», оснащенный самым современным оборудованием. На сегодняшний день это практически единственный крупномасштабный проект в России, который решил проблему сохранения и развития музея в связи с его выводом из культового комплекса.