5 сентября 2018 года Ярославль посетил полномочный представитель Президента РФ в ЦФО Игорь Щеголев. Одним из пунктов программы пребывания Игоря Щеголева в Ярославле стало посещение Кирилло-Афанасиевского мужского монастыря. Вместе с главой региона Дмитрием Мироновым он осмотрел уже выполненные в рамках масштабной реконструкции работы.
Гостей встречали митрополит Ярославский и Ростовский Пантелеимон и настоятель монастыря игумен Никодим (Федоров).
Монастырь является одним из объектов зоны ЮНЕСКО, на благоустройство которой в прошлом году по договоренностям между Дмитрием Мироновым и мэром столицы Сергеем Собяниным Правительством Москвы были предоставлены значительные средства – 600 миллионов рублей.
На восстановление обители выделено 87 миллионов рублей. Средства пошли на усиление конструкции зданий, выполнение работ по гидроизоляции, укрепление фундамента, реставрацию фасадов, обустройство декоративной подсветки. На Спасо-Пробоинском храме установлены купола. В настоящее время работы продолжаются.